Le quartier Duberger est passé en moins de 160 ans sous de multiples autorités municipales. Lorsque le régime seigneurial était en place, la majorité de Duberger faisait partie de Saint-Ignace et sa partie ouest était dans Saint-Gabriel.

Duberger est passé successivement de Saint-Roch (1855), à Saint-Roch Sud (1862), à Saint-Sauveur (1872), puis à Saint-Malo (1893) pour devenir Petite-Rivière (1902).

La ville a par la suite été amputée de Québec-Ouest (Ville Vanier) en 1916.

Ce n’est qu’en 1963 que la paroisse de Saint-François Xavier de Duberger a été formée. La population de  la ville s’est multipliée par 10 de 1955 à 1965 à 8500 personnes D’un hameau elle est passée à une importante ville de banlieue.

Le nom Duberger été donné en référence à la rivière du Berger et non  au cartographe Jean-Baptiste Duberger.

Duberger a été annexée à Québec en 1970.